El presupuesto tuvo un incremento de 8,12% frente al 2019, cuando fue de 29.5 billones de pesos. Con la actual cifra, de nuevo el sector salud se convierte en uno de los de mayores recursos, coincidiendo así con el compromiso del Gobierno Nacional de alcanzar la equidad en salud. Los 31,8 billones de pesos están distribuidos en recursos para inversión ($712 mil millones) y funcionamiento ($31,1 billones).

En inversión el Ministerio recibe casi el 90% ($547 mil millones) del aporte de la Nación, y el restante se distribuye para las entidades adscritas como la Superintendencia Nacional de Salud ($68 mil millones), Invima ($67 mil millones), el Instituto Nacional de Salud ($26 mil millones), Fondo de Previsión del Congreso ($191 millones) y Fondo Pasivo Social de Ferrocarriles ($2.317 millones).

Por su parte, para funcionamiento el Ministerio tiene presupuestados 30 billones de pesos. Con estos dineros se garantiza el aseguramiento en salud de los colombianos, tanto en el régimen subsidiado como en el contributivo ($19,3 billones), se girarán las transferencias que la Nación hace a las entidades territoriales a través de sistema general de participaciones para el régimen subsidiado, la salud pública y el subsidio a la oferta ($10 billones), se atienden los proyectos orientados al mejoramiento de la red de urgencias, la atención de enfermedades catastróficas y las reclamaciones de accidentes de tránsito No Soat ($371 mil millones), se incluyen recursos para el financiamiento de la ley de residentes y becas crédito ($125 mil millones), y recursos para el Programa de Atención Psicosocial y Salud Integral a Víctimas – PAPSIVI ($20 mil millones).

Finalmente, el monto restante se destina a la financiación de otros programas prioritarios en salud pública.

A su vez, el presupuesto sigue presentando una tendencia creciente, ya que entre 2017 y 2020 pasó de 23,3 a 31,8 billones de pesos.